La presencia de los franciscanos en Cartagena se remonta a finales del siglo XV con la creación del convento de San Ginés de la Jara (1491). Esta primera presencia se amplió con otras dos: el convento de San Francisco, fundado en 1549, y el convento de San Diego, establecido en 1606. Las dos primeras fundaciones pertenecían a la entidad de la Provincia Franciscana de Cartagena, y la tercera a la Provincia de descalzos de San Pedro de Alcántara de Granada. Los tres conventos, tras una intensa actividad apostólica, educativa y social son clausurados en septiembre de 1835.
 Habría que esperar más de cien años, 119 exactamente, para que de nuevo se recuperar la presencia franciscana en Cartagena. Y se hizo en consonancia con la más arraigada tradición de la Provincia Franciscana de Cartagena: a través de un centro docente, este Colegio de la Inmaculada, nacido con el deseo de continuar la tradición humanística, literaria y evangelizadora del desaparecido Colegio de la Purísima de Murcia y de las cátedras de Filosofía, Artes y Retórica del convento de San Francisco de la ciudad de Cartagena. Las disciplinas teológicas quedaron para el Instituto Teológico de Murcia, con sede en Murcia.
 Bajo el gobierno del padre Fr. Fermín María García Sánchez, Ministro Provincial de la Provincia franciscana de Cartagena, se procedió a la fundación y compra de terrenos en 1954. Los franciscanos tras estar ausentes de Cartagena más de un siglo, volvieron a instalarse en nuestra ciudad. La primera comunidad estaba formada por los religiosos Fr. Agustín Nieto, como primer Rector, Fr. Domingo Meseguer, Fr. Lorenzo Uranga … A los padres Fermín María, como fundador, y Agustín Nieto, como primer Rector debe el Colegio todo lo que ha sido y es en la actualidad, sin olvidar, claro está, a todos los religiosos de la Provincia Franciscana de Cartagena, quienes, colaborando de una u otra manera, hicieron todo lo posible para que el Colegio llegara a ser lo que ha sido y queremos que siga siendo. Con el Gobierno provincial de Fr. Juan Fernando Cuenca se procedió a la adaptación de las antiguas instalaciones a la legislación vigente. Proceder que ha sido guiado por  dos razones muy en consonancia con el espíritu y la historia de la Provincia: deseo de continuar la tradición docente, humanística y cultural desarrollada desde su primera hora por los franciscanos en Cartagena, la primera, y hacer del Colegio La Inmaculada un foco de irradiación de los valores franciscanos –amor al estudio, disciplina y trabajo, cultivo de la sencillez y la naturalidad, ejercicio y práctica del respeto y la tolerancia, cuidado y salvaguarda de la creación, educación para la paz y la convivencia. Actualmente, en 2008, son 1400 alumnos los que llenan las aulas de nuestro Colegio, desde infantil a segundo de Bachiller. Un buen equipo de profesores son los que están ejerciendo una extraordinaria labor académica y educativa, dirigidos y animados por los religiosos P. Emilio Martínez Torres, rector, y los padres José Luis Parada Navas y Antonio Trucharte Sánchez.